1.土地使用权纠纷是否要进行政府处理这一前置程序？
根据《中华人民共和国土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
2.拥有合法的土地使用权，有什么批准手续？
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第二十二条的规定：“土地使用权划拨，是指县级以上人民政府依法批准，在土地使用者缴纳补偿、安置等费用后将该幅土地交付其使用，或者将土地使用权无偿交付给土地使用者使用的行为”。
3.擅自签订协议，转让土地使用权是否有效？
根据最高人民法院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十一条明确规定，土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨
土地使用权的，应当认定无效。
根据《划拨土地使用权管理暂行办法》第五条的规定，未经市、县人民政府土地管理部门批准并办理土地使用权出让手续，支付土地使用权出让金的土地使用者，不得转让、出租、抵押土地使用权。
4.关于土地的排除妨害纠纷是否有诉讼时效的限制？
根据《中华人民共和国民法总则》第一百九十六条第一款的规定下列请求权不适用诉讼时效的规定：
（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。因此，本案不适用诉讼时效的限制。