当事人没有约定或约定不明，工程结算造价以审计单位的审计意见或者财政评审机构作出的评审结论为准，当事人通常难以要求按照审计单位作出的审计意见或财政评审机构作出的评审结论作为工程造价的结算依据。
合同无效时，虽合同有明确约定以行政审计结论为准，承包人可提出“合同无效以审计结论为准的条款亦无效”，主张该约定对承包人不具有约束力。
因发包人原因导致未能及时进行审计的，如发包人存在收到承包人报送的竣工结算资料后未及时提交审计或者未提交完整的审计资料等怠于履行合同约定配合审计义务的行为，承包人可以发包人不正当地阻止条件成就为由向人民法院提请司法鉴定来主张工程造价。
如果审计部门未在合理期限内进行审计或者出具审计报告或结论，或者有证据证明审计结论明显不当、不真实、不客观的，可向人民法院申请补充鉴定、重新鉴定或者补充质证等方法救济权利。承包人也可以通过行政诉讼的方式，请求撤销行政审计结论。
在发、承包双方达成竣工结算协议后，发包人上级单位启动行政审计时，在双方未达成新的竣工结算协议前，承包人可主张该审计结论不影响双方竣工结算协议的效力。