承包人在结算过程中的索赔纠纷，如果发包人已经对索赔事项进行了处理，且参照《建设工程价款结算暂行办法》（财建[2004]369号）第 14 条和《2013 版清单计价规范》第 9.13.6 条规定，工程结算包含施工合同价款、合同价款调整内容以及索赔事项，工程结算的目的在于建设工程项目施工完毕后对建设施工合同履行过程中合同双方债权债务进行最终确认，工程结算实际是双方当事人对合同履行中存在争议的最终协商一致的结果，原则上一方当事人在完成工程价款结算后不能另以存在索赔事项而提出索赔。
但如果结算协议等文件中明确约定保留提起索赔诉讼的权利，或发承包人在结算中提出索赔请求但发承包人恶意不予处理或结算后新发生的索赔事项等情形，则发承包人可在结算后另行向发包人提起索赔。