非法占用农民耕地由县级以上人民政府自然资源主管部门来管，限期拆除在非法占用耕地上新建的建筑设施，恢复土地原状并没收违法所得，可以并处罚款，对直接责任人员依法给予处分，构成犯罪的依法追究刑事责任。
《刑法》第三百四十二条
【非法占用农用地罪】违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
在耕地非法取土处罚规定是处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。依据土地管理法、土地管理法的相关规定处罚，不构成犯罪的，给予行政处罚。构成犯罪的，追究刑事责任。
《中华人民共和国土地管理法》第四十三条
因挖损、塌陷、压占等造成土地破坏，用地单位和个人应当按照国家有关规定负责复垦；没有条件复垦或者复垦不符合要求的，应当缴纳土地复垦费，专项用于土地复垦。复垦的土地应当优先用于农业。
第七十五条
违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法取土的举报：可以向当地的自然资源管理部门进行举报。根据我国法律规定土地管理和监督机构为自然资源管理部门，而且任何人或者单位有发现非法行为的都可以进行举报。
《中华人民共和国土地管理法》第五条
国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。
县级以上地方人民政府自然资源主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。
第六条
国务院授权的机构对省、自治区、直辖市人民政府以及国务院确定的城市人民政府土地利用和土地管理情况进行督察。
第七条
任何单位和个人都有遵守土地管理法律、法规的义务，并有权对违反土地管理法律、法规的行为提出检举和控告。
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