农村建房占用基本农田的处理办法如下：
1.一般是可以向国土部门检举举报；
2.可以向村委会反应，村委会有权利回收土地；
3.向法院提起诉讼，控告占用土地村民；
4.对本地国土局提起行政诉讼，控告其不作为。
基本农田是指中国按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。
永久基本农田既不是在原有基本农田中挑选的一定比例的优质基本农田，也不是永远不能占用的基本农田。永久基本农田就是我们常说的基本农田。加上“永久”两字，体现了党中央、国务院对耕地特别是基本农田的高度重视，体现的是严格保护的态度。
完善基本农田保护制度。基本农田保护制度作为耕地保护政策体系的核心之一，承担着保护耕地精华部分的重要职能。通过经济、行政、技术等手段完善巩固现有的基本农田保护制度，使之成为划定永久基本农田的坚实基础。
耕地违法建房必须拆除。国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地。占用耕地建房的，由县级以上人民政府部门责令退还非法占用的土地，限期改正或者治理，并限期拆除。
《土地管理法》第七十五条
违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《土地管理法》第七十八条
农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
农民非法占用基本农田建房拆除程序如下：
1.农村违法建筑拆除流程一般是由行政机关经调查取证；
2.确认建筑物违章后，对违章搭建人作出责令停止违法行为通知书，责令其停止违法建设行为；
3.搭建人拒不拆除违章建筑的，行政机关在作出行政处罚决定前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。
根据《行政处罚法》规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
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