工程在竣工验收之前发包人擅自投入使用，能否以使用部分工程质量不符合合同约定为由向承包人主张权利？

不能，但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。

法律依据：《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条 建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。