土地管理法第16条规定，土地所有权和使用权的争议，由当事人协商解决，协商不成的，由人民政府处理。因此只有土地所有权和使用权的争议是由政府处理的。
那么土地经营权纠纷呢？
法律规定：农村集体土地所有权、农村集体土地建设用地使用权等4种权利，需要经过相关政府部门等级造册，核发证书予以确认，属于物权，而该条文中并没有列举土地承包经营权，说明立法的本意也未将土地承包经营权列入土地使用权中。土地承包经营权的设立和变更均是通过签订承包合同完成的，登记只是土地承包经营权设立、转让的对抗要件，非生效要件，是一种民事行为。故土地承包经营权及侵权纠纷，当事人可以提起民事诉讼。