以房抵款作为工程价款的一种支付形式，如以房抵款协议无效或者不符合生效要件，不存在新债消灭旧债和协议实际履行的问题，相当于工程款债务支付不成功，债务人应当继续履行支付工程款的责任。
以房抵款协议达成后，是否消灭旧债问题存在一定争议，可参照《最高人民法院第五巡回法庭法官会议纪要（2021）》相关内容主张以房抵款协议有效且不存在履行障碍，债权人不能要求债务人履行旧债，除非以房抵款协议明确约定债权人有选择权。
债务履行期限届满后达成以房抵款协议，且已办理了房屋备案登记或预告登记或不动产权登记时，可参照《九民会议纪要》第 44 条规定，主张此时以房抵债视为已付工程款。
债务履行期限届满前达成以房抵款协议，如已办理了房屋备案登记或预告登记或不动产权证登记时，通常按《担保制度司法解释》第 68 条规定的让与担保进行处理，除非在履行期限届满后重新达成新的以房抵款协议；新达成的以房抵款协议仍需参照《九民会议纪要》第 44 条规定，识别串通损害第三方合法权益或虚假诉讼情形对效力的影响。