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《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第380条规定：“人民检察院认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形需要补充侦查的，应当提出具体的书面意见，连同案卷材料一并退回公安机关补充侦查。”据此，检察院退回补充侦查主要分为三种情形：一是犯罪事实不清，二是证据不足，三是发现遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人。
根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第285条规定，对于检察院退回补充侦查的案件，经县级以上公安机关负责人批准，公安机关可以根据不同情况分别作出处理。
一是对于证据不足的，公安机关应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送检察院审查起诉；对无法补充的证据，应当作出说明。笔者认为，补充侦查后即使证据依然不够充分，公安机关也不能自行处理，只能移送检察院审查决定起诉或者不起诉。
二是在补充侦查过程中，公安机关发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送检察院审查。这时，侦查羁押期限和审查起诉期限存在重新计算的问题，但公安机关不能撤销原案件。
三是发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，如发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者犯罪嫌疑人有刑诉法第15条六种不追究刑事责任的法定情形的，公安机关应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的检察院。按照刑诉法第161条的规定：“在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。”只有在这种情况下，公安机关才能作出撤销案件决定。对于公安机关撤销案件的决定，检察机关应当加强监督，防止公安机关以罚代刑或者对证据不足案件作出撤销案件决定。
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