尽管在法律界对企业间借款合同的法律效力存在争议，但是目前的司法审判实践仍依照上述最高人民法院的司法解释处理。因此，如果企业间借款合同的当事人依据双方的借款合同提起诉讼，则比较其他类型的借款合同，在诉讼过程中存在特定的诉讼风险。
从目前最高人民法院的司法解释及人民法院的审判实践来看，一般在这类诉讼中除本金可以得到保护外，借款合同约定的利息不会受到法律保护。同时，在诉讼中亦存在因合同违法而被法院制裁的可能性，即法院可能会发出制裁决定以收缴借款合同中已经取得或约定取得的利息及自双方当事人约定的还款期满之日至法院判决确定借款人返还本金之日期间内的利息。
在现行的司法实践认定企业间借款合同无效的情况下，企业间的借贷可以选择委托贷款的方式。委托贷款，系指由政府部门、企事业单λ及个人等委托人提供资金，由贷款人根据委托人确定的贷款对象、用途、金额、期限、利率等代为发放、监督使用并协助收回的贷款。
企业间借款合同在司法实践中被认定为无效合同的法律依据来源于最高人民法院1996年9月23日给四川省人民法院的《关于对企业借贷合同借款方逾期不归还借款的应如何处理的批复》。该批复明确规定：“企业借贷合同违反有关金融法规，属无效合同”。而这里所指的“有关金融法规”，系指中国人民银行于1996年6月28日发布的《贷款通则》。《贷款通则》第二条明确规定：“本通则所称贷款人系指在中国境内依法设立的经营贷款业务的中资金融机构”，第二十一条规定：“贷款人必须经中国人民银行批准经营贷款业务，持有中国人民银行颁发的《金融机构法人许可证》，并经工商行政管理部门核准登记。”但是，由于《贷款通则》的发布者是中国人民银行，其在法律性质上属于部门规章，而不是行政法规。因此，从上述分析可以看出，司法实践中认定企业间借款合同无效的根本原因是因其贷款主体违反了中国人民银行发布的部门规章的规定。