以工程款抵房款的房屋买卖协议的签订如遵循了自愿、平等原则，不违反法律、法规的强制性规定，该协议合法有效。协议涉及的“以工程款抵房款”恰是因双方约定而产生的权利义务，签订的协议是确定双方之间权利义务关系的依据。协议中涉及的房产已建成的，该协议具有房屋买卖合同的属性;房产未建成的，具有房屋预售合同的属性。无论具有哪种合同属性，承建方都完成了交付房款的义务，享有抵款房产的实际所有权。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百零二条 依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。